Die beiden roten Blumen sind das hervorgehobene Merkmal des Charakters Gröbenzells als Gartenstadt. Der Bach in der Mitte soll den Verlauf des durch das Gemeindegebiet fließenden Gröbenbachs symbolisieren. Die weiß-blauen Balken stellen die Zollschranke dar, die an die Zollstelle am Gröbenhüterhaus erinnert.

Der Name Gröbenzells setzt sich wohl aus den beiden Teilen "Gröben" und "Zoll" zusammen, was wiederum an die Zollstelle auf dem Weg durch das Moos am Gröbenbach erinnert.